indel标记是什么(InDel)

indel标记是什么

目前法医dna分析使用的dna遗传标记主要有：短串联重复序列（STR）、单核苷酸多态（SNP）和微小插入缺失（Indel）三种。其中STR是目前应用最多的标记。

Indel诱变假说的基因突变

1、研究后发现，DNA的插入/缺失(Indel)会引起其周围一系列的变异。在此基础上，他们提出了“Indel诱导自发突变机制假说”，从源头上回答了“遗传变异究竟是如何形成的”这一生命科学面临的基本问题。

2、如体细胞中的Indel诱变效应，可能是解开肿瘤发生机制的关键；大量Indel的总体诱变效应，对理解生命的起源具有重要作用；杂合体Indel的放大诱变效应，可使基因的突变率大大提高，在作物遗传育种中有重大潜在应用价值。

3、由显性基因突变成隐性基因叫隐性突变，由隐性基因突变成显性基因叫显性突变。绝大多数为隐性突变。（1）对于性细胞：如果是显性突变，即aa→Aa，可通过受精过程传递给后代，并立即表现出来。

4、首先，如果在一段基因序列中得失碱基数量不是3的倍数，就会造成码组移动（frameshift mutation)。相比于点突变（point mutation）导致的核苷酸替换，码组移动会造成核苷酸的删减或增加。

5、这一事件的出现频率并不由于诱变剂的处理而提高。基因突变的影响因素：外因：（1）物理因素：x射线、激光、紫外线、伽马射线等。（2）化学因素：亚硝酸、黄曲霉素、碱基类似物等。（3）生物因素：某些病毒和细菌等。

动植物重测序--变异检测

针对目标性状，选择 表型极端差异的亲本 构建家系，对该家系 目标性状表型极端的子代 分别混合得到的两个样本池进行全基因组重测序，检测到的两池间DNA差异片段即为候选区域，可进一步定位到目标性状相关的基因或标记。

GWAS（Genome-wide association study）是对遗传多样性丰富的自然群体的每个个体进行基因组测序，结合目标性状的表型数据，基于一定的统计 *** 进行全基因组关联分析，可以快速获得影响目标性状表型变异的染色体区段或基因位点。

全基因组重测序是指对基因组序列已知物种的个体或群体进行基因组测序，并以此为基础进行个体或群体水平的遗传差异分析，其为动植物育种研究提供了一个快速有效的 *** 。

三代变异检测操作说明-DeepVariant

目前SNP和INDEL变异检测的软件有很多，下表是一篇文献测评了比较流行的检测软件，我们可以看出DeepVariant软件表现是很优秀的。接下来我们详细介绍下DeepVarient。

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